1962-ben az Országos Vízügyi Főigazgatóság tájegységi múzeumok létesítését rendelte el. A Nyíregyházi Vízügyi Igazgatóság vezetése azonnal reagált, és megkezdődött a szervezőmunka. A Nyírvíz palotában létrehoztak egy tárlat szobát külön e célre.
Összegyűjtötték a Nyírvíz palota padlásán tárolt társulati elnökök, igazgatók festett portréit, melyeket később restauráltattak. Felvették a kapcsolatot a nagy vízrajzkutatók és vízmérnökök utódaival, örököseivel, akiktől életrajzi adatokat, személyes használati tárgyakat, fotókat, eszközöket sikerült begyűjteni.
1988-tól már a jelenlegi helyén, Nyíregyházán, a Móricz Zsigmond úton kapott helyet a gyűjtemény. Működési engedélyt 1989. március 31-én nyert. Az évtizedek alatt összegyűlt anyag nagy meglepetést okoz az idelátogatónak.
Szakdolgozatokhoz, disszertációkhoz, különböző témájú kutatásokhoz forrásanyagra lelhet az érdeklődő. Életrajzi anyagok, tanulmányok, monográfiák, tervek, térképek diagrammok állnak a kutatók rendelkezésére.